נושא תאגוד בתי חולים אינו נושא חדש. בראשית שנות ה-90 המליצה ועדת נתניהו על תאגוד בתי החולים הממשלתיים, בכדי להביא לשיפור בתפקוד מערכת הבריאות ולניצול יעיל של משאביה. גם הוועדה לבחינת הרפואה הציבורית ומעמד הרופא בה (ועדת אמוראי), שהגישה את המלצותיה בשנת 2002, המליצה על תאגוד בתי החולים הממשלתיים ובתי החולים בבעלות שירותי בריאות כללית. גם ועדת ליאון (מאי 2004) המליצה על הפיכת בתי החולים הממשלתיים ובתי החולים של שירותי בריאות כללית לבתי חולים ציבוריים הפועלים כתאגידים עצמאיים ללא כוונת רווח.
הר"י מביעה את חששה העמוק לעתיד מערכת האשפוזית ומערכת הבריאות בכלל, במידה ויבוצעו שינויים מבניים במערכת האשפוז בפזיזות, ללא שיקול דעת ומבלי לאמוד את ההשלכות ארוכות הטווח של שינוי בסיסי ב"כללי המשחק" ושיווי המשקל הפנימי הקיים במערכת הבריאות הציבורית.
הר"י רואה בתאגוד בתי חולים הזדמנות לשפר ולייעל את מערכת האשפוז הציבורית תוך מתן גמישות ועידוד יצירה ופיתוח שירותים, אולם לצד כל היתרונות, קיימות סכנות רבות. הדבר תלוי בעיקר במודל התאגוד שייבחר וב"כללי המשחק" שייקבעו לבעלי התפקידים השונים במערכת (בתי חולים, קופות, משרד הבריאות, משרד האוצר, רופאים, מטפלים ומטופלים).
הר"י מכירה בכך שתאגוד כלל בתי החולים הציבוריים במדינה הנו אחת הדרכים לפתרון בעיית ניגוד האינטרסים של משרד הבריאות בתפקידו כבעלים וכמיניסטריון של בתי החולים. תאגוד יאפשר לבתי החולים לתפקד ללא הקשיים של ניהול שוטף על ידי הממשלה, ויאפשר קבלת החלטות מהירה ואפקטיבית.
תאגוד בתי החולים הינה הזדמנות חשובה לשיפור מערכת הבריאות הציבורית על ידי ניצול טוב יותר של המתקנים, המכשור הקיים וכוח האדם המקצועי המצוי בבתי החולים (האחיות ועובדי המנהל והמשק). תאגוד יאפשר פיתוח בתי חולים מתוך שיקולים מקצועיים ועל בסיס תכנון ארוך טווח, עידוד יזמות ופיתוח שירותים אשר אין היום תמריץ או יכולת לפתחם. שינוי מבני יאפשר העסקת רופאים זמן מלא בבתי החולים ויאפשר להם תגמול נאות, דבר שיחסוך מהם את הצורך לחפש השלמת הכנסה במספר מקומות עבודה, בדומה להיום.
לנוכח המגמות השליליות במערכת הבריאות כיום, של גידול באי השוויוניות בין אוכלוסיה אמידה במרכז לבין אוכלוסיה מוחלשת בפריפריה, יש לקבוע מנגנוני הגנה אשר יבטיחו כי בכל תהליך של שינוי מבני, השיקול הרפואי יהיה השיקול המכריע, מתוך הכרה כי לשיקולים כלכליים יהיה משקל כבד בבניית המודל הרצוי ובקביעת כללי המשחק החדשים.
יש לבנות מודל של תאגוד אשר יבטיח שבתי החולים הקטנים ו/ או הפריפריים לא ייפגעו, כמו גם שהשירותים הלא רווחיים לא ייסגרו. כל מודל שייבנה חייב להבטיח את עתיד המקצוע, את ההתמחות והמחקר בכל בתי החולים ואת איכות הטיפול הרפואי לכלל האוכלוסיה, ללא אפשרות לברירת או אפליית מטופלים.
הר"י חוששת כי לנוכח הרצון העז של משרד האוצר לקדם את נושא התאגוד במהירות וללא עבודת הכנה מתאימה, ענף חיוני המעניק שירותים לכל תושבי מדינת ישראל עלול להיפגע באופן בלתי הפיך, כאשר היקף הנזק ומלוא ההשלכות יתבררו לאחר שנים.
במדינת ישראל אין ניסיון בהפרטת ענף שלם. יש לזכור כי מערכת שירותי הבריאות סובלת מזה שנים מקיומם של כשלים כלכליים מובנים הנובעים מהשוני בין השוק הרפואי לשוק הכלכלי, ממחסור מכוון של משאבים במערכת, מעוותי מחירים, ומשיטת תקצוב בתי החולים על בסיס מעורר מחלוקת. גורמים אלה מנעו עד היום הוצאה לפועל של הליך התאגוד. ללא מתן מענה הולם לכשלים שנמנו לעיל – ספק אם ניתן יהיה לקדם את הליך התאגוד בשנים הקרובות.
הר"י מתריעה על כך, שללא קיום עבודת מטה יסודית וזהירה, וללא תכנון ויישום הדרגתי ומושכל, ובשים לב להתקיימות כלל התנאים דלעיל ובכללם, שיתוף מעורבות והסכמה של כלל הגורמים המעורבים בתאגוד בתי החולים וקיומו של פיקוח הולם על יישום המהלך בשלבי ההכנה והביצוע – התאגוד לא יצלח ויסב למערכת הבריאות כולה נזקים כבדים.