האיגודים, החברות והחוגים המדעיים של הר"י, הנן קבוצות רופאים שהתאגדו ופועלות יחד על פי התמחותם.
הנהגת האיגוד נקבעת בבחירות המתקיימות מעת לעת ותדירות פעילויותיו תלויות ברצון והתארגנות החברים. האיגודים מארגנים כנסים, מפרסמים הנחיות קליניות, ניירות עמדה ויכולים להביע עמדה או לקדם את עמדתם בנושאים מקצועיים בתחום מומחיותם, העומדים על הפרק בדיון הציבורי.
השירותים ניתנים ל-52 איגודים, 55 חברות, 101 חוגים, 2 אגודות, ארגון אחד ו-8 סניפים – סה"כ כ-219 גופים בתוך הר"י.