האיגודים, החברות והחוגים המדעיים של הר"י, הנן קבוצות רופאים שהתאגדו ופועלות יחד על פי מומחיותן.
הנהגת האיגוד נקבעת בבחירות המתקיימות מעת לעת ותדירות פעילויותיו תלויות ברצון והתארגנות החברים. האיגודים מארגנים כנסים, מפרסמים הנחיות קליניות, ניירות עמדה ויכולים להביע עמדה או לקדם את עמדתם בנושאים מקצועיים בתחום מומחיותם, העומדים על הפרק בדיון הציבורי.