המועצה המדעית מאצילה מספר סמכויות ייחודיות לה אל יו"ר ועדת החינוך הרפואי בהתמחות כנציגה של המועצה המדעית במוסד הרפואי.
6.1 מתן אישורים חריגים למתמחים - במקרים המפורטים לעיל, רשאי יו"ר ועדת החינוך הרפואי בהתמחות לאשר חריגה מעבר למותר בנוהלי המועצה המדעית:
- אישור לביצוע הפסקה בהתמחות לפני תום השנתיים הראשונות להתמחות.
- הארכת זכאות להגיש למועצה המדעית את דו"ח מדעי היסוד, מעבר ל-3 שנים מתום התקופה בה בוצעה עבודת המחקר כמצוין בנוהל מדעי היסוד, ולא יותר מ-5 שנים.
- אישור לפיצול רוטציות חובה או בחירה במהלך ההתמחות.
6.2 טיפול במקרים פרטניים
- המלצה להנהלת המוסד על העברת מתמחה למחלקה אחרת במוסד הרפואי באותו המקצוע.
- בירור מקרים של מתמחים שנכשלו פעמיים באותה בחינת התמחות (בכתב או בעל פה) וגיבוש המלצות לפעולה למתמחה ולמנהל המחלקה.
- בירור מקרים בהם מנהל המחלקה לא חותם על טופס הרשמה לבחינה, ודיווח למועצה המדעית.
- הקמת ועדת אד-הוק לבירור ומציאת פתרונות במקרה של מנהל המחלקה מסרב לחתום על מכתב המלצה ו/או תקופת סיום ההתמחות בפנקס. ועדת אד הוק תוקם לאחר הגשת הבקשה לתואר מומחה למועצה המדעית ודיון ראשון בוועדה המקצועית לאישור תואר מומחה.