המועצה המדעית מורכבת משלוש יחידות:
- יחידת השירות למתמחה
עוסקת בנושאים הבאים:
בנוסף, יחידת השירות למתמחה מטפלת בפניות של רופאים אשר ביצעו את התמחותם בחו"ל ומבקשים הכרה במומחיותם זו בישראל.
ניתן לקבל שירות מהיחידה באמצעות דוא"ל, מענה טלפוני או קבלת קהל במשרדי היחידה (בתיאום מראש).
לבירור פרטי ההתקשרות של נציגת השירות האישית במקצוע ההתמחות, לחץ/י כאן
- מחלקת בחינות: מחלקת הבחינות אחראית על בחינות שלב א', שלב ב', הבחינה במקצועות העל ובחינת סטאז' רישוי. היחידה אחראית על כל מהלך הבחינה, החל מההרשמה, קביעת ותיאום מועדי הבחינה, ועד לפרסום ציוני הבחינות וציוני הערעורים.
ליצירת קשר: 
כתבו מייל או התקשרו: 03-6100445 או 03-6100419
- המחלקה להכרה וביקורת: מחלקה זו אחראית על איסוף ויישום החלטות הוועדה הנבחרת להכרה וביקורת. הוועדה להכרה וביקורת מגבשת וקובעת קריטריונים להכרה במוסדות בהם ניתן לבצע התמחות, תוך שיתוף פעולה עם האיגודים המדעיים ותוך התבססות על הסילבוס להתמחות. כמו כן, אחראית הוועדה על בקרת המוסדות, המחלקות, היחידות והמכונים בהם נערכת ההתמחות. תחום אחריות נוסף של המחלקה הוא השתלמויות עמיתים.
ליצירת קשר: כתבו מייל או התקשרו: 03-6100482