214. הוועידה מכירה בנחיצות הדין המשמעתי בהוקעת תופעות בלתי רצויות במערכת, אך בה בעת מצרה על כך שלא אחת נעשה שימוש לא ראוי בהליך המשמעתי ככלי נוסף לחיזוק התביעה האזרחית, על מנת לקבל פיצוי, ולאו דווקא למילוי המטרה שלשמה הוא נועד.
215. הוועידה מגנה בחריפות כל תופעה של הפרת הסכמים והפרת זכויות הרופאים במסגרת הדין המשמעתי, וכל ניסיון להצדיק הפרות אלו בכך שמדובר במעשה לא ראוי של הרופא. הוועידה קובעת באופן חד-משמעי, כי גם כשעולה הצורך לגנות ולהוקיע תופעות בלתי רצויות, קיימת חובה לשמור על ההסכמים הקיבוציים ועל זכויות הרופאים, גם אם חרגו מסטנדרט הרופא הסביר.
216. הוועידה קוראת לוועד המרכזי לפעול בכל האמצעים, כדי להגן על זכויות הרופא בהליך המשמעתי.
217. הוועידה מצרה על כך שלא אחת משמשים נושאים של קידום איכות ברפואה וניהול סיכונים אף הם כלי משמעתי, ובכך פוגעים אנושות בשיפור איכות הטיפול ואף בהליך הדין המשמעתי.
218. הוועידה חרדה לנוכח גילוי תופעות של כרסום בזכויות הדיוניות של הרופאים במסגרת ועדות הבדיקה וּועדות הקובלנה, לרבות פגיעה בכללי הצדק הטבעי, וזאת משיקולים זרים, כגון אימת התקשורת.
219. הוועידה קובעת, כי בנושאי משמעת – עולים האינטרסים של משרד הבריאות ושל ההסתדרות הרפואית בקנה אחד. השאיפה המשותפת היא, שרק רופא אשר פשע ייתן את הדין. לשם כך, יש להבטיח שמירה על כללי הצדק הטבעי. הוועידה קוראת למשרד הבריאות לעבוד בשיתוף עם ההסתדרות הרפואית, כדי להבטיח שמירה על הזכויות הדיוניות.
220. הוועידה קובעת, כי המצב הקיים, שבו על הרופא לעמוד, בשל אותו מעשה, בפני מספר ערכאות שיפוטיות שאינן תלויות זו בזו, פוגע בזכויות היסוד שלו ובעקרונות הצדק, ופועל כמאיץ לרפואה מתגוננת. הוועידה תומכת בעיקרון של משרד הבריאות, כפי שהובא בתזכיר החוק בנושא משמעת, לפיו הדרג הפוליטי – שר הבריאות – לא יהיה בעל סמכות לשנות החלטה שניתנה בהליך משמעתי.
221. כל עוד לא נחקק חוק "לשכת רופאים", תומכת הוועידה בכינון בית דין משמעתי, שיוקם מכוח הצעת החוק לתיקון פקודת הרופאים במהלך מתואם עם משרד הבריאות, אשר יעביר את סמכות השיפוט לצוות רפואי מקצועי. הוועידה תובעת, כי הצוות המקצועי יורכב מגוף בלתי תלוי, שיכלול את נציגי ההסתדרות הרפואית ונציגים נוספים, וכי בדיוניו יישמרו כללי הצדק הטבעי.