בחודש ספטמבר 2024 פרסם משרד האוצר מסמך בשם "התוכנית הכלכלית לשנת 2025" (שהיא, למעשה, טיוטת "חוק ההסדרים"), ובו פרק שעסק רובו ככולו בהכשרת רופאים ובתכנון כוח האדם הרפואי בישראל. במוקד הפרק עמדה המועצה המדעית של הר"י, אשר אמונה על הסדרת ההתמחות הרפואית במדינת ישראל. סעיפי המסמך מפרטים את תוכניותיו של משרד הבריאות להתערב בהחלטות המועצה, לכפות שינויים בתכני ההתמחות, ולהעביר אליו חלק מסמכויותיה. עוד מוצע בפרק זה להקים מנגנון ממשלתי להקצאה מתוכננת של מקומות התמחות. נוסח מעודכן של מסמך זה, אשר פורסם כחודש לאחר מכן, חזר, למעשה, בשינויים קטנים, על אותן הצעות פעולה שהן בגדר מהפכה כוחנית וחסרת אחריות ברגולציה המקצועית ובתכנון כוח האדם הרפואי בישראל.
כך למשל, משרד הבריאות הציע לבטל את תקופת מדעי היסוד בהתמחות תוך פגיעה בהכשרה המדעית של המתמחים. בסעיף אחר, המשרד מציע להכיר אוטומטית במומחיות שאושרה במספר מדינות זרות, בהתעלמו מתהליכי העבודה של המועצה המדעית, אשר נועדו לבחון את בקשתו ההכרה במומחיות לטובת בטיחות המטופלים ואיכות הטיפול. חשוב לציין שתוכניות התמחות זרות, גם מהמדינות המתקדמות ביותר, אינן תואמות תמיד לדרישות ההתמחות בארץ.
בסעיפים אחרים המשרד ניסה לנגוס בסמכויותיה הבסיסיות ביותר של המועצה המדעית: המשרד שאף להפוך את החלטות המועצה המדעית בנוגע לפתיחת פנקסי התמחות ולהכרה במוסדות התמחות, ואף להכיר בעצמו במרפאות ובמחוזות קופות החולים לצורך התמחות לצד ועדת ההכרה העליונה של המועצה המדעית. מעבר לסרבול ההליכים ואי הבהירות בחלוקת הסמכויות בין המשרד למועצה, קיימת בכך סכנה להכנסת שיקולים זרים - פוליטיים ואחרים - לתהליך קבלת החלטות מקצועי הנוגע לבריאות הציבור, שמטרתו לוודא כי המועמד להתמחות אכן עומד באמות המידה הדרושות לקבלה למסלול ההתמחות, וכי המוסד הרפואי עומד באמות המידה הדרושות להכשרת מתמחים.
אם לא די בכך, המשרד מנסה לכפות את יישום חובת התמחות בקהילה לפסיכיאטריה, נשים, ילדים, גריאטריה ואורתופדיה ללא דיון ותיאום עם הר"י, המועצה המדעית שלה והאיגודים המדעיים. בנקודה זו ראוי להדגיש, כי הר"י תומכת בהרחבת ההתמחות בקהילה באופן עקרוני, אבל לא באופן שהוצע בחוק ההסדרים. ראשית כל, אין כיום תשתית מספקת להרחבת ההתמחות בקהילה מבחינת מוכנות המרפאות וכוח האדם הדרוש להכשרה משמעותית. מלבד זאת, זהו צעד שדורש שינויים עמוקים בתנאי העבודה וביחסי העבודה בין המדינה, המעסיקים והרופאים המתמחים והמומחים. לכן, לא ניתן ליישמו ללא חתימה על הסכם קיבוצי שבו יעוגנו השינויים המוצעים. לבסוף, בשל מחסור בכוח אדם, איוש התקנים הריקים בבתי החולים עם מעברם של מתמחים לקהילה צפוי להיתקל בקשיים רבים. כך יוצא שגם הרפואה בקהילה וגם הרפואה בבתי החולים ייפגעו בצורה חמורה מהמהלך.
אם לא די בכך, באמצעות חוק ההסדרים ניסה משרד הבריאות לכפות תכנון ממשלתי של יעדי מומחים במקצועות הרפואה השונים והקצאה מתוכננת של משרות מתמחים לפי תחומי התמחות עבור כל בית חולים וקופת חולים. בכך נפתח פתח מסוכן לפגיעה בחופש העיסוק של הרופאים. כמו כן, נקבעו סנקציות תקציביות על בתי חולים שלא יעמדו במילוי יעדי מקומות ההתמחות שנקבעו להם.
לו יושמו סעיפי התוכנית, היו עלולות להיות לכך השלכות קטסטרופליות על איכות הטיפול והשירות הרפואי מערכת הבריאות בישראל בכלל ועל מערכת הכשרת המתמחים בפרט. בעמדתה הבלתי מתפשרת מול משרדי הבריאות והאוצר הצליחה הר"י להעביר את רוע הגזירה, להביא לגניזת רוב סעיפי החוק ולריכוכם של אלה הנותרים, ובכך לשמור על עצמאותה המקצועית של המועצה המדעית כחלק בלתי נפרד מהפרופסיה הרפואית. בפשרה שהושגה בין הר"י למשרדי האוצר והבריאות הוחלט כי נושא ההתמחות בקהילה ותכנון כוח האדם הרפואי יידונו יחדיו בוועדות משותפות על מנת להגיע לפתרון מוסכם והמתאים ביותר למערכת הבריאות הציבורית.