ביום 30.10.2006 הוגשה על ידי הכנ"ר בקשה למתן הוראות לאישור הפרשות כספים עבור פנסיה צוברת לעובדי בית החולים. הכנ"ר כתב בהצעתו כי המקור לכספי הפנסיה העתידיים, כביכול, חייב לנבוע מקיצוצים שונים, ביניהם, צמצום תקנים ומשרות של רופאים. הצעת הכנ"ר היתה מעורפלת, שלא גובתה בנתונים כלשהם.

הר"י הגישה את התנגדותה הנחרצת לבקשה זו. בתגובתה, גרסה הר"י כי עד היום כל "התייעלות" וכל "קיצוץ" נעשו על גבם של הרופאים בבית החולים, המשמשים במשך כל הליך הפירוק כ"שק החבטות" וכ"בור ללא תחתית" לשם מימון כל חסר וכל תשלום שיש לממן במסגרת הפירוק.

ביום 30.11.06 דחה השופט שפירא את בקשת הכנ"ר וקבע כי: "המפרק ינהל מו"מ עם העובדים במטרה להציג תוכנית פנסיה מקיפה לעובדים על מנת לבחון את מקורות המימון לכך. המו"מ יתחיל ביום 5.12.06 ויימשך ברציפות".