הוועידה מתנהלת על ידי נשיאות הוועידה, המוצעת על ידי יו"ר הר"י מבין חבריה, ומאושרת על-ידי צירי הוועידה. חבר נשיאות הוועידה אינו רשאי להיבחר לוועדה המתמדת. נשיאות הוועידה פועלת על-פי כללי הנוהל שנקבעו בתקנון הר"י. במקום שאין הוראה בכללי הנוהל, תפעל נשיאות הוועידה על-פי שיקול דעתה ובהכרעת רוב חבריה.