האיגוד ממליץ לצרף את הקולונסוקופיה כשיטה שניתן לבחור בה לצורך גילוי מוקדם של סרטן המעי הגס באוכלוסיית ישראל בת הסיכון הממוצע, בנוסף לאוכלוסיה בת הסיכון הגבוה.
בדיקת הקולונוסקופיה, בנוסף להיותה אבחנתית ברגישות וסגוליות גבוהות יותר מכל יתר הבדיקות, מאפשרת בחינה מדוקדקת של כל המעי הגס, איתור והורדת אדנומות ומניעת התקדמותן לסרטן כמו גם לקיחת ביופסיה משאתות קיימות. היא גם מהווה את בדיקת ההמשך ההכרחית באם נמצאה בדיקה חיובית לדם סמוי או פוליפ בסיגמואידוסקופיה, חוקן בריום או קולונוסקופיה וירטואלית.