ההתמחות בנפרולוגית ילדים תבוצע ביחידה המוכרת להתמחות על ידי המועצה המדעית של הר"י, ואשר בה תנועת ילדים גדולה עם מגוון רחב של בעיות נפרולוגיות והנותנת שירות נרחב לבעיות נפרולוגיות חדות במחלקות הילדים ופעילה בביצוע דיאליזה כרונית וחדה.
אם המתמחה נמצא ביחידה שאין בה דיאליזה כרונית פעילה, יהיה חייב בסבב ביחידה נפרולוגית פדיאטרית אחרת, שיש בה דיאליזה כרונית, למשך ½ שנה. לחלופין יוכל לשהות ביחידה לדיאליזה כרונית של מבוגרים למשך 3 חודשים וישלים 3 חודשים נוספים ביחידה לדיאליזה פדיאטרית.
נפרולוגית ילדים הינה מקצוע ייחודי, הנבדל מהותית מנפרולוגיה של מבוגרים, בכך שהוא כולל טיפול בפג וביילוד, עם הפיזיולוגיה הייחודית לגיל הזה, מחלות מטבוליות ומולדות להן ביטוי בתקופת הילדות ומחלות שונות, עם השפעה ניכרת על הגדילה של הילד (RTA, אי ספיקת כליות כרונית). בנוסף יש לספק לילד ומשפחתו מערכת תמיכה פסיכולוגית וסוציאלית ייחודית לכל שלב בהתפתחות הילד, מהגיל הרך, דרך מוסדות החינוך השונים ועד להתבגרותו.