על רופא הרוצה להתחיל השתלמות עמיתים, לשלוח למועצה המדעית, מכתב קבלה להשתלמות, חתום על ידי מנהל התכנית טרם תחילת ההשתלמות עד 60 יום מתחילת השתלמותו. במקרה שהבקשה תוגש באיחור, מועד תחילת ההשתלמות ייחשב מיום הגשת מסמכי הבקשה למשרדי הר"י.
לתשומת לב, תקופת עבודה המעשית ללא הגשת בקשה, לא תוכר כחלק ממסלול ההשתלמות. ניתן לבצע השתלמות עמיתים רק במחלקה מוכרת להשתלמות על ידי המועצה המדעית. המחלקות המוכרות להשתלמויות עמיתים מפורסמות במתחם המחלקות.
לאחר קבלת אישורה בכתב של המועצה, ניתן להתחיל את ההשתלמות. על מכתב הקבלה להכיל את אחוז המשרה, תאריך ההתחלה ומשך ההשתלמות, פירוט תכנית ההשתלמות (מה יבוצע ובאילו ימים, בהתאם לסילבוס).