רופאות ורופאים שהתקבלו להתמחות במסגרת מוכרת בישראל, נדרשים להגיש תכנית התמחות אישית על מנת לפתוח פנקס התמחות. התכנית תיבנה על ידי מנהל/ת המחלקה עבור כל רופא/ה בנפרד.
תכנית ההתמחות האישית תוגש לאישור המועצה המדעית, כחלק מהמסמכים הדרושים לפתיחת פנקס ההתמחות, תוך 60 יום ממועד תחילת ההתמחות.