בתום תקופת המחקר, תוך שנתיים מתום התקופה, על המתמחה להגיש דו"ח מחקר באמצעות מערכת מדעי יסוד.
הדו"ח ייכתב בהתאם לנוהלי הגשת הדו"ח הסופי של עבודת מדעי היסוד, כולל אישור רשמי של המנחה על ביצוע המחקר לשביעות רצונו/ה.
כמו כן, על המתמחה לתעד תקופה זו בפנקס ההתמחות, בשורה נפרדת, ולהחתים את מדריך/ת המחקר.