תוצאת חיפוש

רקע: במהלך העשור האחרון חל שיפור ניכר בהבנת המסלולים של התא המשפיעים על התפתחותן של שאתות הריאה (Lung tumors). התקדמות זו הובילה לגילוי מגוון מוטציות משפעלות הניתנות לחסימה נקודתית על ידי טיפול תרופתי מכוון-מטרה. טיפול מסוג זה מאריך משמעותית את הישרדות החולים ומשפר את איכות חייהם. כשני שלישים משאתות האדנוקרצינומה נושאות מוטציות משפעלות, הכוללות שינויים גנטיים נוספים שהם בעלי יעדי טיפול נוספים מלבד הגנים המקובלים כיום לבירור מולקולארי EGFR) ו-ALK). לאחרונה, מבדקים חדשניים המבוססים על טכנולוגיות ריצוף גנומי נרחב (Next-Generation Sequencing) מאפשרים לאתר יותר מוטציות עם פוטנציאל פעולה בהשוואה לשיטות האבחון המולקולארי הסטנדרטיות המבוססות על אתרי אבחון ממוקדים. עם זאת, ההשפעה הקלינית של איתור רחב של המסלולים אינה ברורה.

מטרות: המטרה המרכזית של המחקר היא לכמת את תרומתו בפועל של ריצוף העומק לשינוי האסטרטגיה הטיפולית בסרטן הריאה, בהתחשב במבדקים הקליניים שבוצעו בהתאם להחלטת הרופא המטפל.

שיטות מחקר: נתונים נאספו מתיקים של 50 חולי סרטן ריאה, אשר עברו מבדקי ריצוף גנומי נרחב משנת 2011 ואילך, ומצויים במעקב השירות לסרטן הריאה במרכז דוידוף לסרטן. הריצופים הנרחבים בוצעו באמצעות טכנולוגיית Illumina HiSeq 2000 על ידי שימוש בהרכב (פאנל) רחב מבוסס Hybrid capture, הדוגם באופן מלא אקסונים של מאות גנים ועשרות אינטרונים המעורבים בפתוגנזה של סרטן.

תוצאות: מתוך 46 מטופלים שעמדו בתנאי ההכללה, נמצאה מוטציה מניעה (אחת או יותר) ב-39 חולים (84.8%) ושינוי החלטה טיפולית התקבל ב-21 חולים (45.7%). מתוכם, 15 מטופלים (37.5%) היו שליליים בבירור מולקולארי סטנדרטי וזכו לשינוי טיפולי שלא היה מתקבל אילולא הייתה מתבצעת בדיקת ריצוף גנומי נרחב. הגנים השכיחים ביותר שכללו שינויים גנטיים הם EGFR (26.1%),KRAS (19.6%), ALK (13%), STK11 (10.9%) ו-RET (8.7%). ריצוף העומק איפשר לאבחן עשרה מטופלים כנשאי שינויים גנטיים בגנים ALK או EGFR, וזאת לאחר שאובחנו באופן שגוי כשליליים במבדקים מולקולאריים אחרים.

מסקנות: ריצוף גנומי נרחב מאפשר איתור ברמת דיוק גבוהה של מוטציות משפעלות במרבית חולי סרטן הריאה בישראל שנבדקו במחקרנו. במדגם זה, ביצוע מבדקים מולקולאריים עמוקים הוביל לשינוי החלטה טיפולית בכמחצית מהחולים.

דיון: תוצאותינו מדגישות את החשיבות של אפיון מולקולארי באמצעות ריצוף עמוק כבדיקה אבחונית בחולים הלוקים בסרטן ריאה מתקדם. יש להמשיך ולהעריך את כלי ריצוף העומק בהשוואה לשיטות אחרות במחקרים גדולים יותר, אקראיים ומבוקרים. שאיפתנו היא, שבמרכז רפואי רבין יהיה ריצוף עמוק חלק מהאבחון השגרתי ויהווה בסיס להכוונה טיפולית מיטבית.

ליאור כהן^3,2,1, נעמה אורנשטיין^1,3, מוניקה וייס-הובשמן^1,2,3, לילי בזק¹, בלה דוידוב¹, אייל ריינשטיין⁸ , שי צור⁶, דורון בהר⁷, פולה סמירין-יוסף^4,5, מלי שלמון-דבון⁵, עמית גרוס¹, מרדכי שוחט^1,2, לינה באסל ^1,2,3,4

¹המכון לגנטיקה רפאל רקאנטי, מרכז רפואי רבין- מרכז רפואי בילינסון, פתח תקווה, ²הפקולטה לרפואה סאקלר, אוניברסיטת תל אביב, ³היחידה לגנטיקה קלינית ילדים, בית חולים שניידר לילדים, פתח תקווה, ⁴המכון למחקר רפואי פלזנשטיין, הפקולטה לרפואה סאקלר, אוניברסיטת תל אביב, ⁵המעבדה לביו אינפורמטיקה גנומית, המחלקה לביולוגיה מולקולארית, אוניברסיטת אריאל בשומרון, אריאל, ⁶המעבדה לביולוגיה מולקולארית, קמפוס רמב"ם, חיפה, ⁷המכון לגנטיקה רפואית, המרכז הרפואי שערי צדק, ירושלים, ⁸מרכז רפואי מאיר, כפר סבא

גילוי נאות: ד"ר דורון מהר מכהן כרופא הראשי של חברת Gene by Gene. לשאר המחברים אין קשר מסחרי לנושא המאמר.

הקדמה: ריצוף כלל אקסומי (WES) מהווה שיטה המאפשרת לרצף במקביל ובמהירות גבוהה יחסית כ-20,000 גנים, לאיתור שינויים גנטיים העלולים להיות קשורים במצבי חולי. במאמר זה מסוכמות תוצאות הריצוף האקסומי של דנ"א ממטופלים לא מאובחנים שהופנו למכון הגנטי במרכז הרפואי רבין בשל חשד למחלה גנטית.

שיטות: הפקת דנ"א בשיטות מקובלות, העשרת חלקים מקודדים בגנום (אקסונים) באמצעות ערכה Nextera Rapid Capture Expanded Exome, וריצוף באמצעות מכשיר HiSeq 2500 של חברת Illumina. סינון ובחירת שינויים גנטיים נדירים באמצעות אנליזה ביו-אינפורמטית, אימות בשיטת סנגר ובדיקת הפרדה (סגרגציה) בבני משפחה.

תוצאות: בקרב 39 מטופלים שהופנו בחשד למחלה מונוגנית לא ידועה בוצעה בדיקת ריצוף אקסומי. הנבדקים הופנו בשל סימנים קליניים מגוונים, כאשר ב-80% מהם הסימנים העיקריים היו נירולוגיים. בקרב 51.3% (20/39) מהמטופלים נתקבלה תוצאה חיובית – קבלת שינוי גנטי שנראה כי הוא מסביר בסבירות גבוהה את הסימנים הקליניים. בקרב 28% מהחולים התגלה שינוי בגן ידוע שדווח עליו בעבר כי הוא גורם למחלה, וב-23% מהמטופלים התגלה שינוי בגן חדש שלא תואר בעבר כי הוא קשור לפנוטיפ. מתוך 20 המקרים שפוענחו ב-12 מטופלים – התגלתה צורת תורשה אוטוזומית רצסיבית, ב-7 מטופלים – תורשה אוטוזומית שולטנית (דומיננטית) ובנבדק אחד – תורשה בתאחיזה ל- X.

מסקנה: עבור למעלה ממחצית מהמטופלים שהופנו אלינו לריצוף אקסומי בחשד למחלה גנטית, נעשה אבחון מולקולארי. תוצאה זו מוכיחה כי WES היא שיטת אבחון יעילה לאיתור הגורם הגנטי בקרב חולים עם חשד למחלה מונוגנית ללא אבחנה שנקבעה. פרט לאבחנה שנקבעה, שיש בה לעיתים הקלה רבה למטופל ובני משפחתו, למציאת הבסיס המולקולארי יש תרומה רבה: קביעת אבחנה מולקולארית יכולה לחסוך המשך בירור רפואי, לאפשר להעריך את סיכון ההישנות במשפחה, לבצע אבחון טרום לידה ולהתאים את המעקבים והטיפול לחולה.

הילה טביביאן-קיסר^2,1*, ג'נט שיבי^1*, נעמי אזוגי-רוזנטל², הלנה חזנוב², אביה שפירא-רקובסקי², מירי מיכאלי², כנרת רוזנבלט¹, רמית מר^2**, איריס ברשק^3,1**

¹המכון לפתולוגיה, בית החולים תל השומר, רמת גן, ²הפקולטה למדעי החיים על שם מינה ואבררד גודמן, אוניברסיטת בר אילן, רמת גן, ³ הפקולטה לרפואה סאקלר, אוניברסיטת תל אביב,

*למחברים אלו תרומה שווה, **למחברים אלו תרומה שווה

הקדמה: תהליכי ההיפרמוטציה והברירה (סלקציה, Selection), המאפיינים תגובות חיסוניות תלויות תאי T אשר מתרחשות במרכזי הנבט שבקשריות הלימפה, מובילים לעלייה בזיקה בין האנטיגן יוצר הגירוי לבין קולטני לימפוציטים מסוג B. תגובות אלה מובילות להבשלת תאי פלסמה, אשר מפרישים כמויות גדולות של נוגדנים ותאי זיכרון. לתהליך האבולוציה השבטית, המתרחש תוך הבשלת הזיקה של שבטי לימפוציטים מסוג B, יש חשיבות עצומה בהקשר של מחלות זיהומיות ואוטואימוניות, מחלות ממאירות והזדקנות.

אחת הדרכים המרתקות לחקר תהליך אבולוציה שבטית זו היא בניית עצי שושלת, תוך התבססות על נתוני המוטציות אשר ברצפי האזור המשתנה של הגנים המקודדים לשרשראות הנוגדנים והשוואתם לגן הגזע. ניתן לתאר עצי שושלת אלו בצורה חזותית, ויחד עם זאת לכמת מספרית את תכונות המוטציות ותכונות שונות של העצים, וכך לחקור באמצעותם את תהליכי ההיפרמוטציה והברירה.

המטרה: במאמר זה אנו מתארים את: (1) הפרוטוקולים הניסיוניים שבהם הסתייענו, לריבוי האזור המשתנה של הגנים המקודדים לשרשראות הנוגדנים ברקמות משומרות של ארבע קשריות לימפה תגובתיות (באמצעות PCR), (2) את הניתוח הביואינפורמטי של נתוני ריצוף תוצרי ה-PCR המאפשר את בניית עצי השושלת.

תוצאות: בשלוש מתוך ארבע הדגימות של קשריות לימפה תגובתיות שנבדקו, נמצאה אוכלוסיית הלימפוציטים מסוג B המורכבת ממספר שבטים. רוב העצים היו צרים וארוכים ורק בשניים מהם נראתה הסתעפות. מדידה כמותית של עצי השושלת לא העלתה הבדלים משמעותיים.

לסיכום: שבטי הלימפוציטים מסוג B שנמצאו בקשריות הלימפה התגובתיות, מייצגים את השבטים העיקריים הפעילים בתגובה חיסונית רב שבטית תקינה. עובדה זו מתיישבת היטב עם הפרופיל רב שבטי (Polyclonal profile) של אוכלוסיות לימפוציטים מסוג B המאפיין קשריות לימפה תגובתיות.

ארנה מור¹, זהבה גרוסמן², בועז אבידור ^3,4, דן טורנר^{* 4,5}

¹מרכז ארצי לאימות בדיקות איידס, המעבדה המרכזית לנגיפים, משרד הבריאות, מרכז רפואי שיבא, תל  השומר, ²בית הספר לבריאות הציבור, הפקולטה לרפואה סאקלר, אוניברסיטת תל אביב, ³המעבדה לנגיפים וביולוגיה מולקולארית, ⁴מרכז האיידס על שם קרוסייד קובלר, ו⁵היחידה למחלות זיהומיות, מרכז רפואי סוראסקי, תל אביב 

*דן טורנר כיהן כיועץ לחברות הבאות:GSK, MSD, ABBOT, Janssen-Cilag 

בדיקות העמידות הגנוטיפיות לנגיף הכשל החיסוני הנרכש (HIV) הן כיום חלק משיגרת הטיפול המקובלת לנשאי הנגיף בישראל ובעולם. באמצעות בדיקות העמידות הגנוטיפיות, ניתן לזהות שינויים מולקולאריים ברצף חומצות הגרעין של הנגיף ולהעריך את מידת רגישותו לטיפולים השונים. בדיקות אלו אף הובילו לזיהוי נגיפים עמידים בקרב נשאים חדשים. מוטציות המתגלות במהלך בדיקות העמידות הגנוטיפית מהוות בסיס לעידכון ההנחיות הבינלאומיות לטיפול בנשאים, וכן מהוות בסיס לניתוחים (אנליזות) אפידמיולוגיים ופילוגנטיים של אוכלוסיות המסייעים להבנת דרכי ההעברה של הנגיף בקבוצות הסיכון השונות. מלבד בדיקות העמידות הגנוטיפיות ל-Reverse transcrptase ולפרוטאזה, המהווים אתרי מטרה של התרופות הראשונות שהוכנסו לטיפול, פותחו גם בדיקות לאינטגרזה ובדיקת זיקה (טרופיזם) לקולטן המשנה CCR5, חלבונים המהווים היום מטרה לטיפולים חדשים כנגד הנגיף – וכל זאת במטרה לתמוך בהחלטות הקליניות ולאפשר טיפול מושכל במכלול התרופות הקיימות כיום. שיטות מולקולאריות רגישות יותר, כגון Ultra-deep sequencing , צפויות להרחיב את בסיס המידע הקיים ולאפשר מעקב גם אחר מוטציות שלא ניתן לגלותן בשיטות הנהוגות היום. כך נוכל לקבל החלטות טיפוליות נכונות יותר ולשפר את איכות ותוחלת החיים של נשאי הנגיף.