בחודש פברואר 2019, פתח אגף האכיפה במשרד הממונה על השכר באוצר, בהליך שימוע כנגד רופאי שירותי בריאות כללית, מכוח חוק יסודות התקציב, עקב טענות לחריגות שכר בנוגע ל - 24 רכיבים שונים, ששולמו לטענתו לרופאי כללית ביֶתֶר, מעבר לאלה שאושרו על ידו במסגרת ההסכמים הקיבוציים החלים על הרופאים.
חוק יסודות התקציב מקנה לממונה על השכר במשרד האוצר סמכויות רחבות היקף בין היתר בכל הנוגע לתשלומי שכר המשולמים על פי הסכמים שלא אושרו על ידו ובכלל זה הסמכות להורות על ביטולם ועל השבתם של תשלומים אלה שקיבל ביֶתֶר העובד, רטרואקטיבית בגין כל השנים בהן הם שולמו לו באופן חורג כאמור, זאת אף אם כללית הסכימה לשלמם ואף אם כבר הסתיימו יחסי העבודה.
ההסתדרות הרפואית בישראל ("הר"י") וארגון רופאי שירתי בריאות כללית ("ארק"ח") ניהלו עשרות דיונים ארוכים ואינטנסיביים הן מול משרד הממונה על השכר באוצר והן מול שירותי בריאות כללית ("כללית"), על מנת לבטל את דרישת האוצר להפסקת התשלום בגין רכיבי שכר אלה כמו גם את דרישתו להשבתם על ידי הרופאים את התשלומים ששולמו בגינם.
אלא שבחודש אפריל 2021, הוציא הממונה על השכר באוצר החלטה חד צדדית, בה הוא הודיע כי על כללית להפסיק את התשלום לרופאים בגין רכיבי השכר חורגים וקבע חובת השבה רטרואקטיבית של ארבע שנים אחורה בגין הסכומים ששולמו ביֶתֶר.
הר"י המשיכה ונאבקה כנגד החלטת הממונה על השכר ובחודש יולי 2021, פנתה להליך משפטי בבית הדין האזורי לעבודה בדרישה לבטל את החלטת הממונה על השכר במשרד האוצר.
לאחר למעלה משנתיים וחצי של דיונים משפטיים בבית הדין לעבודה, ניתן ביום 9.11.2023 פסק דינו של בית הדין האזורי לעבודה בו למרבה הצער אישר בית הדין את החלטת הממונה על השכר ואת חובת ההשבה שנקבעה על ידו בגין התשלומים החורגים וקבע כי "דרישת ההשבה היא לגיטימית ומקורה בסמכות שהוענקה לממונה בסעיף 29 (ב) לחוק."
למרות שברובם ככולם של המקרים, הערכאות השיפוטיות לא התערבו בהחלטות הממונה על השכר נוכח הסמכות הרחבה שניתנה לו בחוק, הר"י לא ויתרה והגישה ערעור על פסק הדין, לבית הדין הארצי לעבודה.
בחודש מרץ 2024, התקיים דיון בערעור שהוגש על ידי הר"י בפני הרכב שופטי בית הדין הארצי בסיומו הנחו השופטים את הצדדים לנהל משא ומתן ולהגיע להסכמות בדבר רכיבי השכר החורגים ובדבר שיעור ותקופת ההשבה בגינם.
במצב שנוצר ונוכח החלטת בית הדין הארצי, נוהל משא ומתן על מנת לנסות ולהגיע עם משרד הממונה על השכר להסכמות שתהיינה אופטימליות ביותר עבור הרופאים, אשר ימזערו ככל הניתן את הפגיעה בהם ויצמצמו את תקופת ההשבה שנקבעה.
הר"י קיימה משא ומתן ארוך ואינטנסיבי ובתום מאבק שנמשך למעלה מ-6 שנים נחתם ביום 14.7.2025 הסכם קיבוצי בו הצליחה הר"י להסדיר את רכיבי השכר החורגים שנתבעו על ידי הממונה על השכר באוצר וכן הצליחה לצמצם את תקופת ההשבה הרטרואקטיבית של כל רופא, בגין תשלומים חורגים, לשנה אחת בלבד (במקום חובת השבה של 4 שנים שאושרה על ידי בית הדין האזורי בפסק הדין).