הוועידה הארצית מורכבת מצירים הנבחרים על-ידי ארגוני הר"י. מספר הצירים הנבחרים לוועידה הארצית הוא לפי מדד של 1:60. כל עודף מספרי מעל 60, העולה על 30, מקנה זכות לציר נוסף.
חברי הוועד המרכזי וחברי הוועד הפועל משתתפים כצירים בוועידה בזכויות מלאות, למעט מנכ"ל משרד הבריאות או נציגו, מנהל האגף למקצועות רפואיים במשרד הבריאות ונציג מנהלי בתי החולים.
הוועידה מתנהלת על-ידי נשיאות הוועידה, המוצעת על-ידי יו"ר הר"י מבין חבריה, ומאושרת על-ידי הוועידה.