המועצה המדעית של הר"י מכירה ב-56 מקצועות שונים להתמחות: מהם 31 מקצועות בסיס ו-34 מקצועות-על. אורך ומבנה ההתמחות משתנה ממקצוע למקצוע. מסלול ההתמחות בנוי מתקופות התמחות במקצוע ההתמחות הראשי, מתקופות במקצוע משנה (רוטציה) שהוא מקצוע שונה מהמקצוע מהראשי ומתקופת מחקר במדעי יסוד, שאת נושאו ואת תוכנו אישרה מראש המועצה המדעית.