הר"י מפרסמת את הכספים שמעבירות חברות מסחריות למימון פעילות מקצועית של הרופאים.
כידוע, בהיעדר תקצוב ממשלתי מספק למימון מחקרים ופעילות מדעית, נהוג בישראל – כמו בעולם כולו - שפעילויות רפואיות-מדעיות ממומנות על ידי חברות מסחריות.
הר"י סבורה כי הציבור זכאי לקבל את מלוא המידע על פעילות זו וכי יש להביא לכך שכל הנתונים הרלוונטיים יהיו נגישים לציבור.
כבר בחודש מרץ 2010 קיבלה הר"י החלטה לפרסם את רשימת איגודיה המדעיים, ואת החסויות שקיבלו מהחברות השונות. במקביל, החלה הר"י לפרסם באתר האינטרנט שלה את החסויות שהיא עצמה מקבלת. הפרסום מפרט את הגופים השונים, גובה הכספים והמטרות אליהן הם מיועדים.
הליך השקיפות הוא שלב נוסף בפעילות להסדרת קשרי הגומלין בין הרופאים לחברות התרופות. כזכור, עוד בשנת 2004 פרסמה הלשכה לאתיקה, בראשות פרופ' אבינעם רכס, אמנה המסדירה קשרי הגומלין אלה. בשנת 2014 עודכנה והורחבה האמנה האתית המשותפת והוקם הפורום ליישום האמנה, הכולל את נציגי הלשכה לאתיקה של הר"י ונציגי חברות התרופות. הפורום עוסק בגיבוש מדיניות ובמתן מענה לשאלות שוטפות הקשורות ליחסי הגומלין בין הרופאים לחברות התרופות.
רוב האיגודים המדעיים כבר נענו ליוזמת הר"י והעבירו דיווח מלא על הכספים שקיבלו ועל מטרותיהם. הר"י מעדכנת מדי שנה את הנתונים באתר הפתוח לציבור.
בעמדה שהועברה לממשלה ולחברי הכנסת הודיעה הר"י כי היא תומכת בהחלת שקיפות על כספים המועברים מחברות תרופות וכי היא סבורה שיש להחיל שקיפות זו גם על גופים נוספים במערכת הבריאות.