תפקיד הנציב לברר, לייעץ, לגשר ולתווך בין הגורמים השונים, כדי למצוא פתרון הולם לבעיות המתמחים. נציב פניות המתמחים פועל על-פי נוהלי המועצה המדעית והר"י ובהסכמת הנוגעים בעניין. כמו כן, נציב פניות המתמחים הוא מורשה חתימה מטעם המועצה המדעית כלפי מוסדות רשמיים בארץ ובחו"ל.
תחומי עיסוקו של נציב פניות המתמחים מגוונים, והוא דן בבקשות חריגות שונות. את כל הנושאים בהם עוסק נציב פניות המתמחים ניתן למצוא 
באתר המתמחים.
נציב פניות המתמחים הוא פרופ' שאול יציב.
ניתן לשלוח בקשה לנציב דרך נציגת השירות האישית