59. תפקיד הוועד המרכזי לקבוע את מדיניות הר"י וליישם את מטרות הר"י בהתאם להחלטות הוועידה הארצית. כמו כן, מפקח הוועד המרכזי על מוסדות הר"י, מתווה את דרכי פעילותה בתחומים השונים ומהווה את המוסד החקיקתי של הר"י בין ועידה לוועידה.
60. בין השאר, מוסמך הוועד המרכזי לבצע את הפעולות הבאות:
60.1 קבלת החלטות שעל סדר היום;
60.2 מינוי סגני יו"ר הר"י, גזבר, חברי מזכירות;
60.3 קבלת דו"חות ממוסדות הר"י השונים;
60.4 אישור סופי של איגודים וחברות מדעיות;
60.5 ביטול חברות מדעיות על-פי העילות התקנוניות;
60.6 אישור ופיזור ועדי הרופאים אשר אינם במסגרת הארגונים הפרופסיונליים;
60.7 הפעלת שיקול דעת בהפסקת חברוּת בהר"י עקב פסק דין;
60.8 השעיית חבר מהר"י, עקב פסק דין שאינו חלוט עם מאסר בפועל;
60.9 כינוס הוועידה הארצית וּועידה שלא מן המניין;
60.10 מינוי ועדות לנושאים ספציפיים;
60.11 גביית מסי חבר באמצעות מחלקת פרט ורווחה;
60.12 קביעת מספר סניפי הר"י ואשרור סגירת סניפים;
60.13 אשרור עמדות הלשכה לאתיקה ושינויים בכללי האתיקה בין ועידה לוועידה.
61. הוועד המרכזי מוסמך לקבל החלטות מהותיות הנוגעות למטרות הר"י ולעתידה. כל החלטה כנ"ל ניתנת לביטול בהחלטת ועידה. עד לביטול כאמור, החלטת הוועד המרכזי תקפה ומחייבת כהחלטת הוועידה הארצית.
62. הוועד המרכזי מוסמך לקבל החלטות הקשורות ליחסים שבין הר"י לבין המוסדות, הארגונים, האיגודים והחברות הפועלים בחסותה.
63. הוועד המרכזי מוסמך לקבל החלטות הנוגעות לקבוע בתקנון הר"י, ושאינן סובלות דיחוי עד לוועידה, ובלבד שלא יתקבלו החלטות המשנות את סעיפי השם, הכשרות המשפטית, המטרות, היקף פעילות הר"י וסמכויות הוועידה הארצית.
64. הוועד המרכזי רשאי לפזר ועד איגוד ו/או ועד חברה ו/או ועד ארגון מיוחד, אשר סירבו לפעול בהתאם לתקנות המפורטות בתקנון זה, וכן רשאי למנות ועדה קרואה, אשר תהיה סוברנית לפעול עד לבחירות חדשות למוסדות האיגוד, החברה או הארגון המיוחד, שמועדן ייקבע על-ידי הוועד המרכזי. הוועד המרכזי לא יפעל על-פי סעיף זה לפני ששמע את טענות הנוגעים בדבר.
65. הוועד המרכזי גובה מסי חבר מכל חברי הר"י - מרופאים חברי ארגונים פרופסיונליים באמצעות הארגונים, ומרופאים שאינם חברים בארגון פרופסיונלי - באופן ישיר. במקרה של אי-תשלום מסי החבר לוועד המרכזי באמצעות הארגונים במשך שלושה חודשים, רשאי הוועד המרכזי לארגן את הגבייה בעצמו. הוועד המרכזי רשאי להגדיל את סכום המס ולערוך מגביות יוצאות מן הכלל.
66. הוועד המרכזי רשאי למנות ועדות ולייפות את כוחן לפעולות מסוימות, אשר בגדר סמכותו. ועדות אלו אחראיות כלפי הוועד המרכזי.
67. החלטות הוועד המרכזי מחייבות את חברי הר"י ומוסדותיה, ועדי הסניפים, ועדי הארגונים, האיגודים, החברות והארגונים המיוחדים, כל עוד לא שונו או בוטלו על-ידי הוועד המרכזי או הוועידה הארצית.
68. חברי הוועד המרכזי נבחרים לתקופה של ארבע שנים על-ידי הוועידה הארצית, או בין ועידה לוועידה. מספר החברים בוועד המרכזי ייקבע על-ידי הוועידה הארצית, ולא יפחת מ-40. הרכבו ייקבע על-פי המשקל היחסי של הצירים שנבחרו על-ידי ארגוני הר"י הפרופסיונליים. מכל מקום, בוועד המרכזי יהיה חבר נציג אחד, לפחות, מכל ארגון של הר"י ויו"ר המועצה המדעית. בנוסף, יהיו חברים שלושה מתמחים המייצגים את ציבור המתמחים, ושלושה פנסיונרים, המייצגים את ציבור הפנסיונרים. כמשקיפים, ישמשו יו"ר הלשכה לאתיקה ורופא עצמאי, אשר מייצג את ציבור הרופאים העצמאיים.
69. יו"ר הר"י ישמש כיו"ר הוועד המרכזי.
70. הוועד המרכזי, בישיבתו הראשונה לאחר היבחרו על-ידי הוועידה הארצית, יבחר מבין חבריו סגני יו"ר וחברי מזכירות, אשר אחד מהם ישמש כממלא מקום יו"ר הר"י, גזבר וממלאי תפקידים אחרים, כפי שיקבע הוועד המרכזי.
71. יו"ר הר"י יכנס את הוועד המרכזי לא יאוחר מחודשיים מתום הוועידה, ולאחר מכן - אחת לארבעה חודשים, לפחות. מניין חוקי לקיום ישיבה מהווה שליש מהחברים, ובהם היו"ר ו/או ממלא מקומו. בהיעדר מניין חוקי, תתקיים הישיבה חצי שעה לאחר המועד שנקבע, והיא תהיה חוקית בכל מניין של משתתפים.
72. במקרה של התפטרות חבר הוועד המרכזי, למעט יו"ר הוועד המרכזי ויו"ר המועצה המדעית, או כשנבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו מכל סיבה שהיא, יצורף חבר אחר לוועד המרכזי, המשתייך לארגון הפרופסיונלי אליו השתייך החבר שהתפטר ו/או שנבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו. הצירוף, כאמור, ייעשה על-פי המלצת הארגון הפרופסיונלי, שאליו השתייך החבר שהתפטר ו/או שנבצר ממנו דרך קבע למלא את תפקידו, ובלבד שלא ישתנה מספר נציגי המתמחים והפנסיונרים. על יסוד סעיף זה, רשאי הוועד המרכזי לראות בחבר הוועד המרכזי שאינו ממלא תפקידו מכל סיבה שהיא במשך 12 חודשים או נעדר משלוש ישיבות, לפי המוקדם מהם, כמתפטר, ולפעול כלפיו על-פי סעיף זה; ובלבד שבטרם יפעל כך, תישלח התראה מתאימה לחבר, ותינתן לו הזדמנות לתקן את דרכיו, וכן תינתן לו ולארגון הפרופסיונלי שאליו הוא משתייך הזדמנות נאותה להשמיע את טענותיהם.
73. התפטרות חבר הוועד המרכזי במהלך שלושת החודשים שלפני הוועידה לא תאפשר לצרף חבר אחר לוועד המרכזי המשתייך לארגון הפרופסיונלי שאליו השתייך החבר שהתפטר.
74. חבר הוועד המרכזי שנבצר ממנו למלא את תפקידו מכל סיבה שהיא לתקופה של שישה חודשים ויותר, רשאי להמליץ לוועד המרכזי כי ימונה תחתיו ממלא מקום לתקופת היעדרותו, ובלבד שממלא המקום ישתייך לאותו ארגון פרופסיונלי ויקבל את אישורו של הארגון. ממלא המקום יישא באחריות מלאה ככל חבר אחר בוועד המרכזי למשך זמן כהונתו.
75. חבר הוועד המרכזי, שהארגון שאליו הוא משתייך הודיע כי פעל בהתאם לתקנונו והחליט להפסיק את כהונתו כחבר הוועד המרכזי, תופסק כהונתו החל באותו מועד, ובלבד שניתנה לו בטרם ההחלטה הזדמנות לטעון את טענותיו. הופסקה כהונת חבר הוועד המרכזי על-פי סעיף זה, יפעלו לצירוף חבר אחר על-פי האמור בתקנה 72 לעיל.
76. במילוי תפקידו כחבר הוועד המרכזי, על החבר לפעול לטובת הר"י ולקידום ענייניה ומטרותיה. חבר הוועד המרכזי יימנע מכל פעולה שיש בה ניגוד עניינים בין מילוי תפקידו בוועד המרכזי לבין מילוי כל תפקיד ציבורי אחר שלו.
77. נתגלעה מחלוקת בין יו"ר הר"י לבין הוועד המרכזי, ונקבע על-ידי יו"ר הר"י או על-ידי חברי הוועד המרכזי, בהצבעה חשאית וברוב יחסי של 70% מכלל חברי הוועד, הכול לפי העניין, כי ההכרעה במחלוקת היא שאלה של אמון, יכנס יו"ר הר"י, בתוך זמן סביר, ישיבה מיוחדת של הוועד המרכזי, כשעל סדר היום שנשלח לידיעת החברים יצוין נושא המחלוקת. הכריע הוועד המרכזי בישיבה שכונסה כאמור, בהצבעה חשאית וברוב יחסי של 70% מחברי הוועד המרכזי, בניגוד לעמדת היו"ר - יתפטר יו"ר הר"י מתפקידו ועמו הוועד המרכזי. לא נכחו בהצבעה, כאמור, לפחות 70% מחברי הוועד המרכזי, יכנס יו"ר הר"י בתוך שבועיים ישיבה נוספת, כשעל סדר היום שיישלח לידיעת החברים יצוין נושא המחלוקת. הכריע הוועד המרכזי בישיבה השנייה, בהצבעה חשאית וברוב יחסי של 70% מהנוכחים בהצבעה, בניגוד לעמדת היו"ר, יתפטר יו"ר הר"י ועמו הוועד המרכזי מתפקידו. תוך חודשיים מיום ההתפטרות כאמור, תכונס ועידה ארצית מיוחדת, שתבחר יו"ר ואת הוועד המרכזי. עד לכינוס הוועידה כאמור, ימשיכו הוועד המרכזי והיו"ר המתפטר למלא את תפקידם. בחרה הוועידה ביו"ר ובוועד מרכזי חדשים, יכהנו אלו בתפקידם עד לתום תקופת הכהונה היעודה של קודמיהם.