אגף משאבים ארגון ותפעול מאגד בתוכו את מחלקת הכספים, מחלקת הלוגיסטיקה, מחלקת מערכות מידע ומחלקת ההוצאה לאור.
תחומי האחריות של האגף:
- אחריות על ניהול הכספים בארגון ובכלל זה עריכת הדוחות הכספיים השנתיים, בניית התקציב וביצוע בקרה שוטפת על ניצולו;
- התייעלות - צמצום עלויות וייעול השירותים הניתנים על ידי ספקים ונותני שירותים;
- טיפול בנכסי ההסתדרות הרפואית;
- תחזוקת משרדי הר"י;
- ארגון לוגיסטי וקיום כנסים השתלמויות ובחינות;
- תחזוקת מערכות המידע ומערכות המחשוב בארגון תוך שמירה על נוהלי אבטחת מידע;
- הוצאה לאור של כתבי עת והפצתם לרופאים חברי הר"י ולמנויים בארץ ובעולם.
בראש המחלקה עומדת 
רו"ח שרון בן ישי הרפז.
ניתן ליצור קשר 
בטלפון: 03-6100528