6. מטרותיה של הר"י הן לקדם את העניינים המקצועיים, המדעיים והכלכליים של חבריה, לשמור על רמה מקצועית ואתית נאותה של מקצוע הרפואה ולדאוג למעמד הרופא ולמעמדה של הרפואה הציבורית בארץ, בין היתר:
בתחום הפרופסיונלי
6.1 הר"י הינה ארגון הרופאים היציג היחיד במדינת ישראל.
6.2 בהיותה ארגון עובדים יציג, מנהלת הר"י משא ומתן עם המעסיקים וחותמת על הסדרים והסכמים קיבוציים, המסדירים את תנאי עבודתם, שכרם ורווחתם של הרופאים.
בתחום המדעי-מקצועי
6.3 באמצעות המועצה המדעית, קובעת הר"י את רמת מקצוע הרפואה, דואגת לסדרי ההתמחות ולבקרת המקצוע, מפתחת את לימודי ההמשך ברפואה, על צורותיהם השונות, ופועלת לקידומם.
6.4. הר"י מאגדת בתוכה איגודים וחברות מכל תחומי ההתמחות הרפואית. האיגודים והחברות מהווים את הבסיס המדעי והמקצועי לקהילייה הרפואית ולפעילות הר"י בתחום המקצועי. הר"י תומכת ומגבה את פעולות האיגודים והחברות.
בתחום האתי
6.5 הלשכה לאתיקה מגבשת את הקוד האתי של הרופאים ודואגת לשינוי הכללים ולעדכונם במידת הצורך. ועדות האתיקה והלשכה מטפלות בכל העניינים הנוגעים לתחום האתיקה הרפואית, בתלונות בין עמיתים וכן בתלונות הציבור כלפי רופאים.
בתחום המשפטי
6.6 הר"י פעילה ומעורבת בהליכי חקיקה, הנוגעים לציבור הרופאים ולמערכת הבריאות בישראל.
6.7 באמצעות המחלקה המשפטית שלה, מטפלת הר"י בהיבטים המשפטיים הנוגעים לציבור הרופאים ולעבודתם. המחלקה המשפטית מלווה את פעילות הר"י, מייעצת לגופים השונים של הר"י בבעיות משפטיות, ועוסקת בכל ההיבטים המשפטיים הקשורים לעבודתם.
תחום שיפור האיכות
6.8 הר"י שוקדת על שיפור איכות הטיפול הרפואי ובטיחותו.
6.9 הר"י מרכזת את הפעילות של הקהילייה הרפואית בתחום הבטחת האיכות ברפואה וניהול סיכונים, לרבות טופסי הסכמה מדעת, פעילות מדעית בתחום ההנחיות הקליניות ומעקב אחרי סקרים ומבדקים.
בתחום הרווחה
6.10 הר"י מציעה מגוון פעילויות ושירותים לרופאים בתחום הרווחה והתרבות, לרבות ביטוח רפואי, הפעלת מועדון צרכנים, הכנה לפרישה לגמלאות ופעילות לגמלאים, מתן סיוע כספי מיוחד לנזקקים, הפעלת בית אבות, קרנות שונות וכד'.
בתחום הציבורי
6.11 הר"י פועלת להבטחת זכויות הציבור בכל הקשור לטיפול הרפואי, לקידום החינוך וההסברה הרפואיים ולשמירת זכויות המטופלים.
6.12 הר"י מקיימת ימי עיון ומפגשים בנושאים שונים, המיועדים לרופאים ולקהל הרחב.
6.13 פעולותיה של הר"י לטובת הציבור נעשות, בין היתר, באמצעות מסעות הסברה ציבוריים, מעורבות ופעילות עם גופים שונים, כגון ארגוני חולים, קופות חולים, הכנסת, מוסדות הממשלה וכד'.
6.14 הר"י מפרסמת ניירות עמדה בנושאים העומדים על סדר היום, שעניינם מקצוע הרפואה, הרופאים ובריאות הציבור.
בתחום הבינלאומי
6.15 הר"י חברה בארגונים בינלאומיים ומקיימת קשרי גומלין הדוקים עם ההסתדרויות הרפואיות השונות בעולם. הר"י רשאית להצטרף כסניף, כמחלקה או כיחידה ארגונית אחרת לכל ארגון מקצועי בינלאומי בתחומי המחקר, הרפואה והמנהל הרפואי.
6.16 הר"י מקדמת את הקשר והזיקה בין מדינת ישראל לבין רופאים בתפוצות; הפעילות בתחום זה כוללת, בין השאר, עריכת כינוסים בינלאומיים, צירוף רופאים כחברי חוץ להר"י ופעילויות נוספות.
בתחום המידע
6.17 הר"י מוציאה לאור עיתונות מקצועית בעברית ובלועזית, העוסקת בתחום המחקר והמדע הרפואי.
6.18 הר"י מוציאה לאור כתב-עת המשמש במה לשיח ציבורי בנושאים מרכזיים העומדים על סדר היום של המדיניות, הכלכלה והאתיקה הרפואית בישראל. כמו כן, נותן כתב-העת פומבי למדיניותה, עמדותיה ויעדיה של הר"י, ומביא מידע עדכני בתחומים שונים. בנוסף, מפיקה הר"י עלוני מידע לרופאים ולאיגודים, המופצים מספר פעמים בשנה.
6.19 הר"י יוזמת ושותפה למיזמים שונים, שמטרתם הגברת המודעות הציבורית לענייני בריאות ורפואה; בהם, עריכתה של האנציקלופדיה הישראלית לרפואה, הוצאת מוספי בריאות בשיתוף העיתונים היומיים וקיום ימי שידורים מיוחדים, בשיתוף פעולה עם אמצעי התקשורת האלקטרונית.
6.20 הר"י מפתחת שירותים דיגיטליים, שישמשו כלי תקשורת מרכזיים עבור ציבור הרופאים בארץ ובחו"ל ועבור הציבור הרחב. הר"י משמשת בית תוכנה לאיגודים המדעיים ומספקת שירותי תשתית ותוכן גם עבור אתרי איגודים ואפליקציות. הר"י מפתחת מערכות מקוונות לרופאים ולרופאות וכן מערכות פנים ארגוניות.