يتم إنتخاب أعضاء ورئيس لجنة الأخلاقيات في النقابة خلال المؤتمر القطري. هيكلة المكتب وشروط تأسيسه وصلاحياته مشروحة بالتفصيل في النظام.
ينتظم في مكتب الأخلاقيات في النقابة أطباء كبار من مجالات تخصص مختلفة. حيثُ يجتمع المكتب مرة واحدة كل شهر لمناقشة القضايا الأخلاقية التي تظهر أثناء مزاولة الأطباء لعملهم ولكي يتم تحديد مواقف في موضوع الأخلاقيات الطبية، ومن جملة وظائفها:
1. صياغة مبادئ الأخلاقيات-
يقوم المكتب بصياغة قواعد أخلاقيات يسترشد بها الأطباء في عملهم وتتوافق مع الأعراف المتوقعة من الطبيب الذي يعمل في السياق الطبي الحالي. يطمح المكتب إلى صياغة توجيهات محددة لتوجيه الأطباء للتعاطي مع مشاكل تظهر أثناء مزاولتهم مهنة الطب يومياً.
2. التحقق من شكاوى الأطباء والمرضى
يقوم مكتب الأخلاقيات بالنظر في شكاوى مرفوعة إليه بواسطة أطباء أو مؤسسات أو مرضى أو أي شخص آخر.
وعند اللزوم يشتق المكتب من مناقشة الشكاوى قواعد أخلاقية جديدة وفق اللزوم.
3. حسم المسائل الأخلاقية
إذا وصل بلاغ للمكتب عن حالة تم فيها خرق مبادئ الأخلاقيات الطبية على يد طبيب، فعندها يشكل مكتب الأخلاقيات لجنة تقصي للنظر في تلك الحالة.
4. طلب الحصول على وجهة مهنية
يطلب الأطباء من المكتب أحيانًا أن يقدم لهم وجهة نظر بخصوص مواضيع مختلفة. وفي هذه الحالات يناقش المكتب كل موضوع بحد ذاته، ويقرر موقفه في هذا الخصوص بالتوافق مع قواعد الأخلاقيات الطبية.