تنظر محكمة النقابة الطبية في الخلافات التي تنشب بين مؤسسة من مؤسسات النقابة وبين أحد أعضاء النقابة أو تنظر في خلافات بين مؤسسة ومؤسسة أخرى من مؤسسات النقابة. كما وتنظر المحكمة في الخلافات أو الاتهامات ذات الطابع الشخصي من طرف أحد أعضاء النقابة بحق زميل له ولها علاقة بمهنة الطب، وكذلك تنظر في خلافات ذات صلة بمهنة الطب بين أعضاء النقابة وبين مؤسسات وأشخاص من خارج النقابة.