הרופאים חוששים ובצדק, משימוש ברשומה הרפואית הלאומית לכל עניין החורג מהמטרה המרכזית של הטבת הטיפול הרפואי.
מן השטח, עולים קולות של מטרות אחרות, וביניהן שימוש ברשומה הלאומית ככלי ניהולי וככלי משמעתי, לצורכי פיקוח ומעקב ולצורכי בקרת עלויות. מטרות אלו אינן שליליות לכשעצמן, אולם הן עלולות לפגוע באוטונומיה של הרופא ולהביא לתופעות של העדר רישום מידע מדויק או שלם מחשש ניצולו לרעת הרופא.
להשקפתנו, ניהול ומעקב צריכים להתבצע בדרכים לגיטימיות אחרות, לא דרך מיזם שמטרתו העיקרית לשפר את איכות הטיפול ולדאוג לרווחת ציבור המטופלים, ובכל מקרה יש לקחת בחשבון כי שימוש ברשומה למטרות זרות עלול לטרפד את המהלך כולו.