אנו רואים את המטרה העיקרית של הרשומה הרפואית הלאומית, בהטבת הטיפול במטופל הבודד. על-כן אנו רוצים לצפות כי אם יתקבל מידע רפואי אמין, מלא ומעודכן בצורה מהירה ומדויקת לנקודת זמן הטיפול, תושג רציפות בטיפול, יתחזק הקשר הטיפולי בין רופא המשפחה לרופאים יועצים ובין בתי החולים למרפאות הקהילה וייתכן שיפור באיכות הטיפול הרפואי.
אולם, כפי שנראה בהמשך, מטרות אלו תלויות כמעט לחלוטין בפתרונות טכנולוגיים הכוללים חומרה מתקדמת שתאפשר העברת המידע בצורה יעילה. ספק רב אם המערכות המצויות היום בשוק יוכלו אכן לענות על הדרישות, מה גם שרבים מהמוסדות הרפואיים עדיין אינם מחוברים מבחינה מחשובית למערכות המסוגלות לתת מענה ראוי בזמן אמת.
מניעת בדיקות כפולות ומיותרות שמסוגלת להביא לחסכון בזמן, בביורוקרטיה ובמשאבים - מצויה אף היא בצד הסיכויים הפוטנציאליים, אלא שגם בנקודה זו, כפי שיפורט, קיים סיכון להשגת מטרה הפוכה בגלל הגברת "הרפואה המתגוננת".
מן העבר השני, ישנן סכנות לא פשוטות שיש לתת עליהן את הדעת.
את הסכנות ניתן לחלק למספר קבוצות עיקריות, הכוללות את הפגיעה ביחסי רופא ומטופל, את העדר המתאם בין המהפך הטכנולוגי שתביא עמה הרשומה הלאומית לסביבת תנאי העבודה, את החשש לשימוש ברשומה למטרות זרות, את הרחבת האחריות המשפטית על כתפי המטפל וסכנות נוספות.
עוד לפני שניכנס לעובי הקורה בפירוט הסכנות שתוארו לעיל, נדגיש, כי קיימים הבדלים מובנים בין סוגי מטפלים וסוגי מוסדות רפואיים בנוגע לשימוש ברשומה הלאומית, הן לעניין היתרונות הפוטנציאליים מבחינת כל קבוצה והן מצד הדרישות והאחריות שהתכנית תיצור לגביה.
הבדלים אלו משפיעים על מידת הסכנה ביחס לסוג מסוים של מטפל או של מוסד רפואי.
לדוגמה: לעומת רופא בית החולים הפוגש במטופל באופן אקראי כשהוא נזקק לעתים עד מאוד למידע על חולה מחוסר הכרה או שאינו כשיר למסור מידע חיוני כאשר מוטלת עליו אחריות למספר קטן יחסית של מטופלים לזמן מוגבל בעת האשפוז בלבד, מתמודד רופא המשפחה בקהילה עם כ-1,400 מטופלים הנמצאים באחריותו הישירה ויחסי רופא-מטופל המתמשכים על-פני תקופת זמן ארוכה וגולשים אף מעבר למפגשים עם המטופל עצמו. הנתונים ברשומה הרפואית הלאומית יוכלו אולי לסייע לרופא בית החולים, אולם בד בבד תדרוש התכנית מן הרופא המטפל בקהילה אחריות מוחלטת לניהולה התקין של הרשומה ולמעקב אחר כל ההפניות, תוצאות הייעוצים אצל רופאים מומחים וסיכומי האשפוז, היינו שאותו רופא ייאלץ בהעדר התראות בדבר מידע חדש, לבצע סריקה שגרתית של כלל התיקים של 1,400 מטופליו…
להלן יפורטו, אם כן, הסכנות אותן אזכרנו, כאשר תחילה נטפל בפגיעה ביחסי האמון בין החולה לרופא, הטומנת בחובה את הפרת צנעת הפרט והסוד הרפואי שהנם עקרונות יסוד עליהם מושתת הטיפול הרפואי, עובר לסוגיית ההסכמה מדעת, הנגזרת באופן ישיר מעקרונות אלו וכלה בשינוי טיב הקשר בין רופא למטופל, עד כדי גרימת נזק לטיפול הרפואי עצמו.