תוצאת חיפוש

ריצוף בשיטות "הדור הבא" (Next-Generation Sequencing – NGS) בקריאות קצרות (רצפים של עד 300 בסיסים) הפך לשיטה המרכזית לאבחון חולים עם מחלות גנטיות. עם זאת, לקריאות קצרות יש מגבלות מובנות, בפרט זיהוי חלקי או חסר  של שינויים מבניים (Structural Variants) ושל שינויים באזורים גנומיים חזרתיים (repeats) או  הומולוגיים (כלומר שקיימים בגנום במספר גרסאות דומות מאוד). בנוסף, קריאות קצרות  מקשות בקביעת הקשר בין שינויים שביניהם מרחקים גנומיים ארוכים. בשנים האחרונות  פותח ריצוף בקריאות ארוכות (Long Read Sequencing – LRS), ושיטה זו מתגלה כחלופה מבטיחה המתגברת על מגבלות אלו. ריצוף מקטעי דנ"א ארוכים (בין כמה אלפים ועד לשני מיליון בסיסים) מאפשר ניתוח משופר של אזורים חזרתיים, זיהוי מדויק יותר של שינויים מבניים, ושיפור היכולת לקשר בין שינויים מרוחקים. כתוצאה מכך, טכנולוגיית LRS הופכת לכלי חיוני במעבדות גנטיות, תורמת לאבחון מחלות גנטיות נדירות, לזיהוי שינויים פתוגניים שלא מתגלים בטכנולוגיות ריצוף אחרות, ולפרשנות קלינית משופרת של נתונים גנומיים. שילוב LRS באבחון גנטי מסמן קפיצת דרך, תוך שיפור הדיוק וקיצור זמני התשובה. בסקירה זו נבחן את עקרונות ה-LRS בגנטיקה של האדם, יתרונותיו על פני שיטות ריצוף קודמות, והשפעתו על אבחון מחלות גנטיות, תוך הצגת יישומים קליניים עדכניים.

רקע: מחלות כליה מונוגניות (שמקורן בגן אחד) הן כשליש ממקרי מחלות הכליה הכרוניות בילדים. אבחון גנטי מאפשר הבנה מעמיקה של  מחלה, התאמת גישות טיפוליות חדשניות, הערכת התקדמות המחלה לאורך החיים, זיהוי מעורבות רב מערכתית ואיתור בני משפחה בסיכון.  באוכלוסיות המאופיינות בריבוי נישואי קרובים, שכיחות מחלות מונוגניות גבוהה, והאבחון הגנטי מאפשר התאמת בדיקות סקר ממוקדות לזיהוי מוקדם, לאיתור נשאים ולמניעת מחלות גנטיות במשפחות בסיכון.

מטרות: לתאר את תהליך הקמת המרפאה הנפרוגנטית במרכז הרפואי סורוקה, ואת שיעור האבחון והמגוון הגנטי של המטופלים שאובחנו במרפאה זו במהלך חמש שנות פעילות.

שיטות: המרפאה פועלת משנת 2019 במסגרת שיתוף פעולה בין המכון הגנטי והמרפאה הנפרולוגית לילדים במרכז הרפואי  סורוקה. מופנים אליה ילדים עם חשד קליני למחלת כליה מונוגנית. לאחר ייעוץ ראשוני משותף, מותאמת תכנית בירור אבחנתי בהתאם לממצאים הקליניים והמשפחתיים: קריוטיפ, שבב ציטוגנטי, פנלים ייעודיים או ריצוף כלל אקסומי (Whole Exome Sequencing - WES). במקרים מורכבים ללא אבחנה במסגרת הבדיקות המקובלות אם קיים חשד גבוה למחלת כליה גנטית, מופנים המטופלים לבירור בשיטות מתקדמות במסגרת מחקר. התוצאות נמסרות להורים במסגרת ייעוץ גנטי, לצד המלצות מותאמות אישית למטופל ולמשפחתו. המרפאה פועלת במודל רב-תחומי תוך תיאום הדוק בין הצוותים הרפואיים ומעקב קליני מתמשך.

תוצאות: החל משנת 2019, סך הכול 145 מטופלים עם מחלת כליה  עברו ייעוץ נפרוגנטי, מהם 50 אחאים מ-20 משפחות גרעיניות. מרבית המטופלים היו זכרים (58.6%) וממוצא בדואי (80%). נישואי קרובים  מדרגה ראשונה או שנייה דווחו בקרב 41% מהמשפחות. אבחון מולקולרי בוצע  ב-89 מהמטופלים (61.4%),  מתוכם נמצאה אבחנה מולקולרית פתוגנית/סביר שפתוגנית ב-76.4%  ההסתמנויות הקליניות העיקריות כללו טובולופתיות (23.4%), מחלת כליה כיסתית (ציסטית ציסטית/ריסנית  (20.7%)  (ciliopathy), אבני כליה/הסתיידויות (19.3%) ומומים מולדים בכליה  ודרכי השתן (Congenital Anomalies of Kidney and Urinary Tract – CAKUT) (13.1%). זוהו שלושה וריאנטים חדשים בגנים  C1GALT1C1, PKHD1, ו- REN במסגרת מחקר.

מסקנות: הקמה והפעלה של מרפאה נפרוגנטית ייעודית באוכלוסייה עם שיעור גבוה של נישואי קרובים הביאה לשיעור אבחון של 76.4% בקרב מטופלים עם חשד למחלת כליה מונוגנית. אבחון זה איפשר התאמת טיפול מיטבי ותכנון משפחתי מושכל. ממצאים אלו מדגישים את החשיבות ביישום מודל דומה גם בקרב אוכלוסיות דומות בילדים ומבוגרים, בהן ריבוי מחלות כליה גנטיות.

אבחנה גנטית של מחלות המטולוגיות מולדות עלולה להיות מורכבת, עקב חפיפה של ההסתמנות הקלינית והמעבדתית בין תסמונות שונות, ובשל העובדה שמחלות מסוימות יכולות להיגרם משינויים במספר רב של גנים. יחד עם זאת, אבחנה גנטית חיונית לקביעה של הטיפול והמעקב המתאים למטופל, וכן לאפשר אבחון של בני משפחה אי תסמיניים, בחירה של תורם להשתלת תאי אב המטופואיטיים ואבחון טרום לידתי. בשנים האחרונות פותחה שיטה של ריצוף מהדור הבא של פאנלים גנטיים. במעבדה שלנו, פאנלים גנטיים משמשים לאבחון של מחלות המטולוגיות שונות כולל כישלונות לשד עצם ואנמיות מולדות, וכן לזיהוי מוטציות נרכשות בלשד העצם. יש חשיבות גבוהה להצלבה בין התוצאות של הבירור הגנטי עם ההתבטאות הקלינית והמעבדתית והאנמנזה המשפחתית, כדי להגיע לאבחנה מדויקת. במאמר זה מודגמת החשיבות של ביצוע בירור גנטי רחב ומהיר לחולים במחלות המטולוגיות מולדות.