בתחום הפרופסיונלי
הר"י הינה ארגון הרופאים היציג היחיד במדינת ישראל.
בהיותה ארגון עובדים יציג, מנהלת הר"י משא ומתן עם המעסיקים וחותמת על הסדרים והסכמים קיבוציים, המסדירים את תנאי עבודתם, את שכרם ורווחתם של הרופאים.
בתחום המדעי-מקצועי
באמצעות המועצה המדעית, קובעת הר"י את רמת מקצוע הרפואה, דואגת לסדרי ההתמחות ולבקרת המקצוע, מפתחת את לימודי ההמשך ברפואה ופועלת לקידומם.
הר"י מאגדת בתוכה איגודים, חברות וחוגים מכל תחומי ההתמחות הרפואית. האיגודים והחברות מהווים את הבסיס המדעי והמקצועי לקהילייה הרפואית ולפעילות הר"י בתחום המקצועי. הר"י תומכת ומגבה את פעולות האיגודים, החברות והחוגים.
בתחום האתי
הלשכה לאתיקה מגבשת את הקוד האתי של הרופאים ודואגת לשינוי הכללים ולעדכונם במידת הצורך. הוועדות האתיות והלשכה מטפלות בכל העניינים הנוגעים לתחום האתיקה הרפואית, בתלונות בין עמיתים וכן בתלונות הציבור כלפי הרופאים.
בתחום המשפטי
הר"י פעילה ומעורבת בהליכי חקיקה הנוגעים לציבור הרופאים ולמערכת הבריאות בישראל.
באמצעות המחלקה המשפטית, מטפלת הר"י בהיבטים המשפטיים הנוגעים לציבור הרופאים ולעבודתם.
המחלקה המשפטית מלווה את פעילות הר"י, מייעצת לגופים השונים של הר"י בבעיות משפטיות ועוסקת בכל ההיבטים המשפטיים הקשורים לעבודתם.
בתחום שיפור האיכות
המכון לבטיחות ברפואה של הר"י הינו הגוף המרכזי והמוביל במדינת ישראל, הקובע את חוות הדעת המקצועית, המדעית והמוסכמת, בכל תחומי הרפואה בישראל. הוא עוסק בתחום הבאים: בטיחות הטיפול, ניהול סיכונים וטופסי הסכמה, התעדכנות מקצועית לרופאים, הערכת טכנולוגיות רפואיות, מדדי איכות וסטנדרטים למוסדות רפואה, הנחיות קליניות ומסמכי עמדה מקצועיים, הפצת מידע מקצועי מעודכן לציבור הרחב וקשר עם התקשורת.
בתחום הרווחה
הר"י מציעה מגוון פעילויות ושירותים לרופאים בתחום הרווחה, קורסים והכשרות, הטבות צרכניות בכרטיס הרופא, הפעלת מועדון צרכנים, הכנה לפרישה לגמלאות ופעילות לגמלאים, מתן סיוע כספי מיוחד לנזקקים, ביטוחים רפואיים, הקמת בית אבות, קרנות שונות וכד'.
בתחום הציבורי
הר"י פועלת להבטחת זכויות הציבור בכל הקשור לטיפול רפואי, לקידום החינוך וההסברה הרפואיים ולשמירת זכויות המטופלים.
הר"י מקיימת ימי עיון ומפגשים בנושאים שונים, המיועדים לרופאים ולקהל הרחב.
פעולותיה של הר"י לטובת הציבור נעשות, בין היתר, באמצעות מסעי הסברה ציבוריים, מעורבות ופעילות עם גופים שונים, כגון ארגוני חולים, קופות חולים, הכנסת, מוסדות הממשלה וכד'.
הר"י מפרסמת ניירות עמדה בנושאים העומדים על סדר היום, שעניינם מקצוע הרפואה, הרופאים ובריאות הציבור.
בתחום הבינלאומי
הר"י חברה בארגונים בינלאומיים ומקיימת קשרי גומלין הדוקים עם ההסתדרויות הרפואיות השונות בעולם.
הר"י רשאית להצטרף כסניף, כמחלקה או כיחידה ארגונים אחרת לכל ארגון מקצועי בינלאומי בתחומי המחקר, הרפואה והמנהל הרפואי.
הר"י מקדמת את הקשר והזיקה בין מדינת ישראל לבין רופאים בתפוצות, בין היתר, על ידי עריכת כינוסים בינלאומיים של רופאים יהודים, צירופם כחברי חוץ להר"י ופעילויות נוספות.
בתחום המידע
הר"י מוציאה לאור עיתונות מקצועית בעברית ובלועזית, העוסקת בתחום המחקר והמדע הרפואי.
הר"י מוציאה לאור כתב-עת המשמש במה לשיח ציבורי בנושאים מרכזיים העומדים על סדר היום של המדיניות, הכלכלה והאתיקה הרפואית בישראל. כמו כן, נותן כתב-העת פומבי למדיניותה, עמדותיה ויעדיה של הר"י ומביא מידע עדכני בתחומים שונים. בנוסף, מפיקה הר"י עלוני מידע לרופאים ולאיגודים, המופצים מספר פעמים בשנה.
להר"י אתר אינטרנט, המיועד לציבור הרופאים בארץ ובחו"ל ולציבור הרחב. האתר הראשי כולל אתרי משנה מגוונים, ובהם אתר כרטיס הרופא, אתר ברוסית ובערבית, מועדון הצרכנות, ועוד. האתר מפרסם מידע על פעילות הר"י והאיגודים בשפות שונות.