המועצה המדעית מורכבת משלוש יחידות:
- יחידת השירות למתמחה
עוסקת בנושאים הבאים:
בנוסף, יחידת השירות למתמחה מטפלת בפניות של רופאים אשר ביצעו את התמחותם בחו"ל ומבקשים הכרה במומחיותם זו בישראל.
ניתן לקבל שירות מהיחידה באמצעות דוא"ל, מענה טלפוני או קבלת קהל במשרדי היחידה (בתיאום מראש).
לבירור פרטי ההתקשרות של נציגת השירות האישית במקצוע ההתמחות, לחץ/י כאן
- מחלקת בחינות: מחלקת הבחינות אחראית על בחינות שלב א', שלב ב', הבחינה במקצועות העל ובחינת סטאז' רישוי. היחידה אחראית על כל מהלך הבחינה, החל מההרשמה, קביעת ותיאום מועדי הבחינה, ועד לפרסום ציוני הבחינות וציוני הערעורים.
ליצירת קשר: 
כתבו מייל או התקשרו: 03-6100445 או 03-6100419
- מחלקת הכרה, התמחות וחינוך:
תפקידי המחלקה הם:
א. הכרה - מתן והמשך הכרה למסגרות הנותנות התמחות, תוך בקרה, פיקוח ושמירה על איכות התמחות גבוהה במסגרות אלה מתוך כוונה לשיפור תמידי של איכות ההכשרה הניתנת. הליך ההכרה מתבצע באמצעות מערך מוסדר ושוטף המושתת על ועדות הכרה. הוועדות מורכבות מרופאים מומחים במקצועות הרלוונטיים. מערך ההכרה מופעל באמצעות חברי הוועדה להכרה וביקורת וכן אלפי רופאים מומחים המשתתפים בהתנדבות בוועדות ההכרה.
ב. קביעת קריטריונים להכרה בכל מקצועות ההתמחות בשיתוף עם האיגודים המדעיים. הקריטריונים מפורסמים במלואם באתר ומבוססים במידה רבה על סילבוס ההתמחות באותו מקצוע.
ג. קביעת ועדכון מסלולי ההתמחות, סילבוסים והשתלמות העמיתים. תהליך זה נעשה בקשר הדוק עם האיגודים המדעיים של הר"י.
ד. עדכון לימודי ההתעדכנות של הרופאים (CME)
ליצירת קשר: כתבו מייל ל-[email protected] או התקשרו: 03-6100482/521/417